교육인적자원부는 이날 "학교폐쇄 주장에 대한 정부의 입장" 발표를 통해 "교육을 담당하는 일부 사학이 자신들의 주장과 다른 내용의 법률안이 국회에 제안됐다고 해서 그 본래 임무인 교육을 포기하고 학교를 폐쇄하기로 결의한 것은 교육자로서 부끄러운 일"이라고 지적했다.

또 "학교 폐쇄는 학생의 학습권을 근원적으로 침해하는 것이고 학생들에게 회복할 수 없는 피해를 가져다 줄 것이므로 어떤 명분으로든 학교폐쇄 문제가 거론돼서는 안될 것"이라고 강조했다.

교육부는 아울러 "학교를 폐지할 때에는 교육감이나 교육인적자원부장관의 사전인가를 받아야 하고 이를 위반하면 처벌할 수 있다"며 "사학관련단체들이 더 이상 사립학교법 개정을 이유로 학교 폐쇄문제를 거론하지 말아 달라"고 당부했다.