특별수사본부를 차린 남해지방해양경찰청은 김해공항에서 군으로부터 이들의 신병을 인수받은 즉시 영장실질심사를 위해 부산지방법원으로 압송했는데, 이들 해적들의 테러 및 도주 등 만일의 사태에 대비해 무장경찰관 40여명과 특공대 전술차량 등 차량 6대, 헬기 1대 등이 동원돼 지상과 공중에서 입체적인 호송작전이 펼쳐졌다.

한편, 이미 검찰은 사건의 중대성을 감안해 지난 29일 해적들에 대해 사전구속영장을 청구하는 한편, 법원으로부터 구인장을 발부받아 구속전 피의자 심문 절차를 밟는 등 신속하게 이 사건을 처리하고 있는데, 해적 5명 모두에게 해상강도살인미수죄 등이 포괄적으로 적용돼 사전구속영장이 청구됐다

법원은 이들 해적들에 대해 영장실질심사를 거쳐 5명 전원에게 영장을 발부했는데, 이후 이들은 남해해양청으로 이송돼 간단한 건강상태를 확인받고 부산해양경찰서 유치장에 입감되게 된다. 이들 해적들은 지난 15일 삼호 주얼리호를 납치해 한국인 8명을 비롯한 총 21명의 선원을 인질로 잡고 몸값을 요구한 혐의를 받고 있다.

남해해경청의 특별수사본부는 수사반, 지원반, 호송유치반, 홍보반 등 4개반, 50여명의 수사 인력으로 구성됐는데, 수사팀은 최우선적으로 석해균 선장에게 총격을 가한 해적을 가려내는데 수사의 초점을 맞춘다는 방침이다.

해경은 이미 해적 신병을 인도받으면서 청해부대로부터 해적들의 얼굴사진과 간단한 신원확인서를 건네받았고, 작전 당시 각종 자료와 삼호주얼리호의 항해 일지 및 석해균 선장에게 총격을 가한 해적 등에 대한 선원들의 진술 등 기초자료를 넘겨받았다.