지난 3일 밤 윤석열 대통령의 비상계엄 선포 후 발표된 계엄사령부 포고령에 전공의들의 복귀를 명령하고, 이에 따르지 않을 시 계엄령에 의해 처벌한다는 내용이 있어 논란이 되고 있다. 

계엄사령관 박안수 육군대장은 이날 계엄사령부 포고령(제1호)를 발표했다. 계엄사령부 포고령(제1호)은 '전공의를 비롯하여 파업 중이거나 의료현장을 이탈한 모든 의료인은 48시간 내 본업에 복귀하여 충실히 근무하고 위반시는 계엄법에 의해 처단한다'는 항목을 포함하고 있다.

이에 서울의대·서울대병원 교수 비상대책위원회는 "이날 사직한 의료인은 과거의 직장과의 계약이 종료되었으므로 '파업 중이거나 현장을 이탈'한 것에 해당하지 않으며, 따라서 해당 항목과는 무관하다"며 "혼란에도 환자들의 건강을 지키고 전공의를 비롯한 의료인의 권리를 수호할 것"이라고 밝혔다. 

현재 전국 수련병원의 전공의들 대부분은 정부 의대 증원에 반발해 지난 2월 병원을 떠난 상태다. 주요 병원들은 이들에 대한 지난 6월 사직서를 수리했다.